昭和24年4月、作物学、育種学および栽培学、果樹園芸学、そさい園芸学、畜産学、農業工学、植物保護学、土壌学および肥料学、農産加工学、食飼化学、農業経営学（全て農学科に所属）の11の講座からなる兵庫農科大学が開学した。同年9月30日に水野利雄先生が北海道より助教授として着任され、昭和26年4月には畜産学科が開設、当研究室の前身である畜産学第二講座（家畜飼養学）が設置された。昭和33年4月1日、兵庫農科大学卒業と同時に氷上雄三先生が助手に着任された。昭和33年11月には水野先生は教授に昇任された。昭和39年6月30日には、「雄鶏に対する合成発情ホルモンの肥育促進効果に関する基礎的研究」により、水野先生は北海道大学より学位を授与された。この間、酸化型アスコルビン酸還元酵素の研究、未墾地の利用に関する研究、ニワトリの飼料素材やホルモンの働きに関する研究等、家畜飼養に関する幅広い研究が進められた。



昭和43年4月1日、兵庫農科大学は神戸大学に移管され、当講座は家畜飼養学講座となった。国立移管後は、主にニワトリの栄養代謝に関する基礎的研究が進められた。昭和50年1月23日、氷上先生は「Studies on thegrowth of skeletal muscle in chicks」により、京都大学より学位を授与され、同年9月1日、助教授に昇任された。昭和51年4月1日には長谷川信先生が助手として着任され、研究室は3人体制となった。昭和61年3月、長谷川先生は、「鶏の体脂肪蓄積調節機構に関する栄養生理学的研究」により日本畜産学会賞を受賞された。



昭和61年3月、水野先生が退官され、同年4月1日には長谷川先生が助教授に昇任、翌年4月1日には氷上先生が教授に昇任した。同日、高田達之先生が助手として東北大学より着任された（同日、本田和久が農学部に入学）。平成元年には長谷川先生が東北大学医学部に内地留学され、ニワトリグルカゴンcDNAの単離を行い、平成2年には、本田和久学部４年生と共にニワトリインスリンcDNAの単離を行った。栄養生理学的研究が主であった研究室の取り組みは、徐々に栄養生化学的研究へと移り変わった。これに伴い、平成5年4月の学部改組により、研究室の名称は、畜産学科家畜飼養学講座から応用動物学科動物機能調節学講座栄養生化学分野に改名された。



高田先生が離任後、平成6年4月に加野浩一郎先生が助手として着任され、同年6月には長谷川先生が教授に昇任された。平成8年、哺乳類においてグルカゴン様ペプチド-1の新たな働きとして食欲抑制作用が見出されたことを機に、ニワトリにおける食欲調節機構の解明が研究室の主要な研究テーマに加わった。平成10年3月、氷上先生が退官され、平成12年3月には加野先生が離任されたが、同年11月、上曽山博先生が香川大学より助教授として着任され、翌年5月に本田和久が伊藤ハム（株）より助手として着任し、再び3人体制となった。その後、「機能性飼料素材の開発」と「ニワトリの食欲調節機構の解明」に大別される栄養生理・生化学的研究が研究内容の中心となったことから、平成19年4月の学部改組では、研究室名は栄養生化学から栄養代謝学に改名された。



平成24年3月、長谷川教授が退職され、同年10月、上曽山先生が教授に昇任、翌年1月、本田和久が准教授に昇任、9月に實安隆興先生が（株）カネカより助教として着任された。平成27年3月、本田は「ニワトリの栄養代謝制御に関する生理生化学的研究」により日本畜産学会賞を受賞。この間、研究室の研究内容は、「機能性飼料素材の開発」と「ニワトリの食欲調節機構の解明」に加え、家畜飼養学講座時代に盛んであった「ニワトリの脂質代謝調節機構の解明」と、新たに「骨格筋におけるタンパク質代謝調節機構の解明」等が加わり、極めて広範なものとなった。また、社会人の課程博士を３名、論文博士を１名、外国人留学生の課程博士を１名、それぞれ輩出した。令和4年3月、上曽山教授が退職され、同年4月1日、本田和久が教授、12月1日、實安隆興先生が准教授となり、令和5年9月、竹垣淳也先生が助教として着任された。